El trabajo realizado en el CODC, está garantizado por estrictas normas de bioseguridad bajo controles y esterilización de instrumental continuos, a cargo del personal auxiliar calificado. El CODC cuenta con salas de esterilización de instrumental e indumentaria, mediante autoclave y calor a seco.

Los procesos de esterilización llevan un continuo control que garantizan absoluta seguridad para los pacientes y profesionales. La esterilización comprende todos los procedimientos físicos, mecánicos y químicos, que se emplean para destruir, inactivar o retener gérmenes en general y patógenos en particular. A través de ésta, los materiales de laboratorio para determinados diagnósticos y los elementos quirúrgicos alcanzan un estado de desinfección que evita la contaminación operatoria. Estos son los pasos que se siguen en la tarea de esterilización de instrumental y materiales para asegurar condiciones óptimas para cualquier tratamiento:

• Desinfección por ultrasonido
• Lavado de instrumental
• Ultrasonido con detergentes enzimáticos
• Empaquetado y sellado.
• El método de esterilización a través de autoclave se realiza por el vapor de agua a presión. Los materiales a esterilizar se exponen a una temperatura de 120º en una atmósfera de alta presión. Las condiciones para lograr una exitosa esterilización pueden variar en tiempo según el material entre durante 20 a 30 minutos. Generalmente se toma como parámetros datos presión y temperatura ya estipulados, cambiando solamente el tiempo. Este procedimiento puede variar dependiendo de características como textura y porosidad, entre otras, de cada material y los tiempos pueden variar.
  

El CODC se encuentra habilitado por el Ministerio de Salud Pública de la provincia de Buenos Aires y los residuos patológicos son retirados por una empresa habilitada para dicha tarea; colaborando con ello a la preservación del medio ambiente.